Werner Koch тоже не рассматривает Markdown формат

http://lists.gnupg.org/pipermail/gnupg-users/2016-February/055207.html

Как и я, Вернер Кох подчёркивает что Markdown стандарта формата нет,
просто нет. Нет ни одного общего знаменателя (ну возможно кроме 3-4
элементов форматирования) который бы поддерживали все программы
говорящие что они используют Markdown. Ну это просто факт: нет такого
понятия как формат Markdown.

Вот reStructured Text он один (пускай потому-что одна реализация
существует). Берём доку и по ней делаем и точно знаем что будет
работать. Много других форматов -- аналогично. Но Markdown выделяется
среди всех: он не будет гарантированно работать нигде, кроме разве что
самых базовых элементов форматирования.